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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
06/09/2012 |
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Data da última atualização: |
23/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F. |
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Afiliação: |
FERNANDA C. P. PEREIRA, PUC Campinas, Bolsista PIBIC/CNPq; FABIANA B. MOKRY, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
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Título: |
Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
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Páginas: |
p. 1-10. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
CIIC 2012. No 12604. |
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Conteúdo: |
A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. MenosA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Software. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65690/1/RE12604.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 16 | |
| 7. |  | PEREIRA, F. C.; OLIVEIRA, A. K. V. de; VERAS, R. P.; MARINHO, I. V. Estimativas econômicas para a exploração do sabiá (Mimosa caesalpiniaefolia, Benth) no planalto da Borborema. In: CONGRESSO BRASILEIRO SOBRE FLORESTAS ENERGÉTICAS, 1., 2009, Belo Horizonte. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2009. 1 CD-ROM. (Embrapa Florestas. Documentos, 178). Seção: Sustentabilidade Ambiental, Social e Econômica.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 10. | | FRANCISCO, P. R. M.; PEREIRA, F. C.; BRANDAO, Z. N.; ZONTA, J. H.; SANTOS, D.; SILVA, J. V. DO N. Mapeamento da aptidão edáfica para fruticultura segundo o zoneamento agropecuário do Estado da Paraíba. Revista Brasileira de Geografia física, Recife, v. 8, n. 2, p. 377-390, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 11. | | SILVA, V. A.; CABRAL, J. S. R.; SOUSA, D. S.; LIMA. R. E.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; CASELA, C. R.; MEIRELLES, W. F.; PEREIRA, F. C. Aplicação "in vitro" de bactericidas e fungicidas no controle da mancha branca do milho. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, p. S 319-320, ago. 2007. Suplemento. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Maringá, PR, ago. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | PEREIRA, F. C.; MACHADO FILHO, L. C. P.; KAZAMA, D. C. S.; GUIMARAES JUNIOR, R.; PEREIRA, L. G. R.; Enríquez-Hidalgo, D. Effect of recovery period of mixture pasture on cattle behaviour, pasture biomass production and pasture nutritional value. Animal, v. 14, n. 9, 2020. p. 1961?1968| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados; Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | SILVA, W. A. da; CABRAL, J. S. R.; SOUSA, D. S.; LIMA, R. E.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; CASELA, C. R.; MEIRELLES, W. F.; PEREIRA, F. C. Milho: mancha branca. Cultivar Grandes Culturas, Pelotas, v. 11, n. 116, p. 16-18, jan. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | DUARTE, A. P.; GERAGE, A. C.; CECCON, G.; SILVA, V. A. da; CRUZ, J. C.; BIANCO, R.; SOUZA, E. D.; PEREIRA, F. C.; SOARES FILHO, R. Milho safrinha. In: CRUZ, J. C.; MAGALHAES, P. C.; PEREIRA FILHO, I. A.; MOREIRA, J. A. A. (Ed.). Milho: o produtor pergunta, a Embrapa responde. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2011. cap. 20, p. 307-324. (Coleção 500 perguntas, 500 respostas).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | SILVA, V. A.; CABRAL, J. S. R.; SOUSA, D. S.; LIMA, R. E.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; CASELA, C. R.; MEIRELLES, W. F.; PEREIRA, F. C. Pinta branca do milho. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO , SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, producao de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P0572.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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